但本届奥运会在竞赛方面也出现了一些问题，诸如运动员服用违禁药物、裁判员执法问题等。其中在裁判员方面出现的最大争议是在体操比赛中，由于裁判员的打分错误，导致本应该属于韩国运动员梁泰荣的男子个人全能金牌被错给了美国的保罗·哈姆。尽管当事的三名裁判员已被暂时禁止执法，但比赛结果已无法更改。韩国方面就此事上诉到国际体育仲裁法庭，但仲裁法庭最终还是判定当时的比赛结果有效，保罗·哈姆得以保住了这枚侥幸得来的金牌。

在此事件以前，国际体育仲裁法庭已在本届奥运会上介入到赛事争议中。在马术三日赛中，裁判员本来判定德国队的贝蒂纳·霍伊在出发时犯规，不仅她本人获得的个人赛金牌被收回，而且她帮助德国队获得的团体赛金牌也被剥夺。但这一改判随即又被推翻，霍伊和德国队重获金牌。然而，体育仲裁法庭最后认定，原来宣布霍伊犯规的判决是正确的。这样，霍伊和德国队最终分别在个人赛和团体赛中都只获得了第四名。英国的莱斯利·劳和法国队则经过一波三折后，成为这起事件的受益者，分别夺得了个人赛和团体赛的金牌。

此外，在赛事保安方面也出现了一些意外。在大会最后一项比赛——男子马拉松赛中，原本一路领先的巴西选手万德雷·德利马在距离终点只剩六公里的路程时突遭袭击，一名久有搅乱体育比赛“前科”的爱尔兰失业牧师突然从观众中冲进赛道，抓住他并将他推到了路边的人群中。尽管这名闹事者很快被制服，而德利马也迅速回到了比赛中，但他的竞技状态已大受影响。在比赛最后阶段中，他不时提心吊胆地回头张望以防不测，严重影响了个人技术水平的发挥。结果很快被另两名对手超越，最终只获得了铜牌。巴西田径联合会事后曾呼吁为德利马补发一枚金牌，使他享受并列冠军的荣誉，但这一请求被拒绝。这一事件也再次被闹上了体育仲裁法庭。

在竞争激烈的本届奥运会上，美国最终以35枚金牌、39枚银牌和29枚铜牌，奖牌总数103枚的成绩列总成绩第一位。在近几届奥运会上逐渐崛起的中国以32枚金牌、17枚银牌和14枚铜牌，奖牌总数63枚的成绩列第二位。最近几届奥运会上一直与美国分庭抗礼的另一世界体育强国俄罗斯以27枚金牌、27枚银牌和38枚铜牌，奖牌总数92枚的排名第三。